Il fattore II o protrombina, assieme ai fattori VII, IX e X, rappresentano
le 4 proteine della coagulazione che richiedono la vitamina K per la loro
completa biosintesi. La vitamina K è necessaria per la carbossilazione
di alcuni residui di glutammato, i quali vengono convertiti in gamma-carbossiglutammato.
Inoltre è stata osservata una seconda modificazione di queste proteine
vitamina K-dipendenti, la beta-idrossilazione di un residuo di aspartato.
La protrombina umana è formata da 579 aminoacidi ed è una catena
polipeptidica singola che contiene dal 10 al 15% di carboidrati disposti in
tre catene laterali. La protrombina viene convertita in trombina in seguito
all'idrolisi di alcuni legami peptidici operati dal fattore Xa e dalla trombina
stessa e la velocità di questi tagli è regolata dal fattore
V.